KEPALA LIPI
WAKIL KEPALA LIPI
»	Inspektorat
»	Pusat Penelitian Perkembangan Ilmu Pengetahuan dan Teknologi
»	Pusat Pembinaan, Pendidikan dan Pelatihan Peneliti
SEKRETARIS UTAMA
»	Biro Perencanaan dan Keuangan
»	Biro Organisasi dan Sumber Daya Manusia
»	Biro Kerja Sama, Hukum dan Hubungan Masyarakat
»	Biro Umum
KEDEPUTIAN BIDANG ILMU PENGETAHUAN KEBUMIAN
»	Pusat Penelitian Geoteknologi
»	Pusat Penelitian Oseanografi
»	Pusat Penelitian Limnologi
»	Pusat Penelitian Metalurgi dan Material
»	Pusat Penelitian Laut Dalam
»	Loka Konservasi Biota Laut Bitung
»	Loka Konservasi Biota Laut Biak
»	Loka Konservasi Biota Laut Tual
»	Loka Pengembangan Kompetensi Sumber Daya Manusia Oseanografi
»	Balai Pengembangan Bio Industri Laut
»	Loka Uji Teknik Penambangan
»	Loka Uji Teknik Penambangan dan Mitigasi Bencana
»	Balai Informasi dan Konservasi Kebumian
»	Loka Alih Teknologi Penyehatan Danau
KEDEPUTIAN BIDANG ILMU PENGETAHUAN HAYATI
»	Pusat Penelitian Biologi
»	Pusat Penelitian Bioteknologi
»	Pusat Konservasi Tumbuhan Kebun Raya
»	Pusat Penelitian Biomaterial
»	Balai Konservasi Tumbuhan Kebun Raya Cibodas
»	Balai Konservasi Tumbuhan Kebun Raya Purwodadi
»	Balai Konservasi Tumbuhan Kebun Raya Eka Karya
KEDEPUTIAN BIDANG ILMU PENGETAHUAN TEKNIK
»	Pusat Penelitian Fisika
»	Pusat Penelitian Kimia
»	Pusat Penelitian Informatika
»	Pusat Penelitian Tenaga Listrik dan Mekatronik
»	Pusat Penelitian Elektronika dan Telekomunikasi
»	Pusat Pengembangan Teknologi Tepat Guna
»	Loka Penelitian Teknologi Bersih
»	Balai Penelitian Teknologi Bahan Alam
»	Balai Penelitian Teknologi Mineral
KEDEPUTIAN BIDANG ILMU PENGETAHUAN SOSIAL DAN KEMANUSIAAN
»	Pusat Penelitian Kemasyarakatan dan Kebudayaan
»	Pusat Penelitian Ekonomi
»	Pusat Penelitian Kependudukan
»	Pusat Penelitian Politik
»	Pusat Penelitian Sumber Daya Regional
KEDEPUTIAN BIDANG JASA ILMIAH
»	Pusat Penelitian Metrologi
»	Pusat Penelitian Sistem Mutu dan Teknologi Pengujian
»	Pusat Dokumentasi dan Informasi Ilmiah
»	Pusat Inovasi
»	Balai Pengembangan Instrumentasi
»	Balai Informasi Teknologi
»	Balai Media dan Reproduksi